С первых дней Великой Отечественной войны Вершигора участвует в боевых операциях Красной Армии, а затем становится разведчиком в тылу у врага и партизаном. Повесть "Люди с чистой совестью" автобиографична и дает полное представление о жизненном пути писателя в годы войны.
Начав войну помощником командира взвода, Вершигора становится командиром роты, а затем комбатом. После ранения продолжает боевую деятельность в качестве начальника бригады фронтовых корреспондентов. Затем перебрасывается в тыл немцев и выполняет задания разведки Брянского фронта. Во вражеском тылу становится заместителем командира партизанских отрядов Орловской области по разведке. Встречается с Ковпаком. В легендарном отряде Ковпака служит сначала рядовым, потом командиром роты. Затем назначается помощником Ковпака по разведке, а после смерти комиссара С.В. Руднева и отъезда Ковпака на Большую землю становится в декабре 1943 года командиром ковпаковцев и руководит боевой деятельностью 1-й Украинской партизанской дивизии им. Ковпака. Под командованием Вершигоры дивизия совершила два рейда – в Польшу и в районы Западной Белоруссии (Беловежская пуща, Гродно, Августовские леса).
В 1944 году Петру Петровичу Вершигоре присвоено звание Героя Советского Союза. Тогда же он получил звание генерал-майора. П.П. Вершигора награжден семью орденами и медалями Советского Союза.
Повесть Вершигоры "Люди с чистой совестью" была удостоена в 1946 году Сталинской премии 2-й степени.
